El carpincho (Hydrochoerus hydrochaeris), el roedor actual más grande del mundo, es una especie ampliamente distribuida a lo largo de Sudamérica. Su presencia se asocia a ambientes con cuerpos de agua como humedales, bosques riparios y sabanas inundables. Es una especie emblemática de gran importancia biológica, social y económica. Sin embargo, es escasa la información generada a nivel nacional para esta especie y no existen hasta el momento estudios filogeográficos que incluyan a Uruguay. En este estudio se evaluó mediante el uso de secuencias de la región control (D-loop) del ADN mitocondrial la diversidad genética y estructura de las poblaciones de carpinchos en la región sur de su distribución. Se obtuvieron 45 secuencias pertenecientes a poblaciones ubicadas en localidades uruguayas, a las que se le adicionaron otras correspondientes a poblaciones de Argentina y Paraguay, haciendo un total de 221. Se determinaron 19 haplotipos del D-loop, con 18 sitios polimórficos. El análisis de estructura genética reveló que las poblaciones de Uruguay son genéticamente distintas al resto y que existirían conexiones entre algunas poblaciones de Argentina y Paraguay, en concordancia con estudios previos. Finalmente, dentro de Paraguay existen distintos grupos, aunque poco es sabido sobre su origen geográfico. En general, la diversidad genética del carpincho en el Chaco y la Pampa fue menor que la encontrada en regiones tropicales. Se propone que el patrón filogeográfico hallado en la región Chaco-Pampeana se debe a la expansión del área de distribución de esta especie hacia el sur, datada entre el final del Pleistoceno y el Holoceno, mediada por diferentes corredores y sistemas de cuencas: por un lado, los ríos Paraná y Paraguay, y por otro el río Uruguay y el sistema de ríos y lagunas costeros. La marcada estructura genética sugiere que las poblaciones de Uruguay podrían pertenecer a una Unidad de Manejo distinta a la de las poblaciones de Argentina y Paraguay.
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