La Facultad de Ciencias coopera con diferentes instituciones de referencia en temas académicos por medio de proyectos conjuntos de investigación, tutorías de grado y posgrado e intercambio estudiantil y docente. Otras áreas de cooperación incluyen alianzas con el sector productivo para el desarrollo de investigaciones aplicadas a problemáticas concretas y asistencia técnica para aportar a la solución de problemas de interés nacional. Actualmente la Facultad mantiene activos más de 200 convenios con instituciones nacionales y del exterior.
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